A közalkalmazotti jogviszony megszűnik a kinevezésben foglalt határozott idő lejártával, a közalkalmazott halálával, a munkáltató jogutód nélküli megszűnésével, valamint ha a közalkalmazott „nem megfelelt” minősítést kap, továbbá a Kjt. 25/A. pontban meghatározott esetben, illetőleg a prémiumévek programban történő részvétel esetén.
A közalkalmazotti jogviszony megszüntethető:
· közös megegyezéssel: bármikor
· áthelyezéssel: a munkáltató fenntartója az általa fenntartott, e törvény hatálya alá tartozó munkáltatók között kezdeményezheti a közalkalmazott határozatlan időre szóló áthelyezését. Erre csak rendkívül indokolt esetben kerül sor akkor, ha annak a munkáltatónak (ahová az áthelyezés irányul) a feladatai munkaszervezési eszközök alkalmazásával sem teljesíthetők. Az áthelyezésben a két munkáltatónak egymással és a közalkalmazottal kölcsönösen meg kell állapodnia. Az áthelyezés során meg kell állapodni a közalkalmazott új munkakörében, munkahelyében, illetményében és az áthelyezés időpontjában. Az áthelyezett közalkalmazottnak az áthelyezést megelőző közalkalmazotti jogviszonyát úgy kell tekinteni, mintha az új munkáltatójánál töltötte volna el.
·
lemondással: a közalkalmazott a határozatlan idejű közalkalmazotti jogviszonyt lemondással bármikor megszüntetheti. Lemondás esetén a lemondási idő két hónap. Ezen időtartam egy részére, vagy annak egészére a munkáltató mentesítheti a közalkalmazottat a munkavégzés alól. A határozott idejű közalkalmazotti jogviszony lemondással nem szüntethető meg.
· rendkívüli lemondással: rendkívüli lemondásra csak a munkáltatónak a közalkalmazotti jogviszonyból eredő lényeges kötelezettsége szándékosan vagy súlyos gondatlansággal jelentős mértékben történő megszegése (pl. bér ki nem fizetése), vagy komoly magatartási probléma (minősíthetetlen utasítások, sértegetés stb.) ad lehetőséget. Ezt az alapul szolgáló okról való tudomásszerzéstől számított 15 napon belül, legfeljebb azonban az ok bekövetkeztétől számított 1 éven belül, bűncselekmény elkövetése esetén annak elévülési ideje alatt lehet gyakorolni. Rendkívüli lemondás esetén a munkáltató a közalkalmazott részére annyi időre járó átlagkeresetét köteles kifizetni, amennyi felmentése esetén járna, és végkielégítés is fizetendő (+esetlegesen kártérítés).
· felmentéssel (2007. szeptember 1-től hatályos szabályok szerint): a munkáltató a közalkalmazotti jogviszonyt felmentéssel akkor szüntetheti meg, ha megszűnt a munkáltatónak az a tevékenysége, amelyben a közalkalmazottat foglalkoztatták; (pl. önkormányzati képviselő-testület döntése alapján) a munkáltatónál létszámcsökkentést, illetve átszervezést kell végrehajtani, és emiatt a közalkalmazott további foglalkoztatására nincs lehetőség; a közalkalmazott munkaköri feladatainak ellátására tartósan alkalmatlanná vált, vagy munkáját nem végzi megfelelően; továbbá a közalkalmazott a felmentés közlésének, illetőleg legkésőbb a felmentési idő kezdetének napján nyugdíjasnak minősül.
· azonnali hatállyal: próbaidő (3+1 hónap) alatt azonnali hatállyal pedig egyoldalúan, bármelyik fél, bármikor megszüntetheti. A határozott idejű közalkalmazotti jogviszonyt a munkáltató azonnali hatállyal megszüntetheti (pl. tovább foglalkoztatására nincs lehetőség), azonban a közalkalmazott részére egyévi, vagy a hátralévő időre jutó átlagkeresetét köteles előre megfizetni.
· elbocsátással: az elbocsátás (mint a legsúlyosabb fegyelmi büntetés) megszünteti a közalkalmazotti jogviszonyt. Amennyiben a közalkalmazottat elbocsátás büntetéssel sújtották, akkor a büntetés jogerőre emelkedésétől számított egy évig állami és helyi önkormányzati költségvetési szerveknél nem alkalmazható magasabb vezető, illetve vezető beosztásban.
· rendkívüli felmentéssel: a gyakornoki idő tartama alatt a közalkalmazotti jogviszonyt rendkívüli felmentéssel megszüntetheti, ha a közalkalmazott a közalkalmazotti jogviszonyból eredő lényeges kötelezettségét szándékosan vagy súlyos gondatlansággal jelentős mértékben megszegi, vagy olyan magatartást tanúsít, amely a közalkalmazotti jogviszony fenntartását lehetetlenné teszi. A rendkívüli felmentés jogát az annak alapjául szolgáló okról való tudomásszerzéstől számított 15 napon belül, legfeljebb azonban az ok bekövetkeztétől számított 1 éven belül, bűncselekmény elkövetése esetén a büntetőeljárás megindítására nyitva álló elévülési idő alatt lehet gyakorolni.